蚌埠市交通運輸局現(xiàn)有5個直屬副縣級事業(yè)單位，1個直屬正科級事業(yè)單位，4個直屬企業(yè)。直屬副縣級事業(yè)單位分別為:蚌埠市公路管理局(含直屬分局、懷遠分局、固鎮(zhèn)分局、五河分局、路橋公司、監(jiān)理公司、公路設(shè)計院等)、蚌埠市地方海事局(含水上安全監(jiān)督檢查站、直屬地方海事處、懷遠縣地方海事處、固鎮(zhèn)縣地方海事處、五河縣地方海事處等)、蚌埠市公路運輸管理處(含城市公交管理所、出租車管理所、交通稽查大隊等)、蚌埠淮河公路橋管理處、蚌埠市縣鄉(xiāng)公路管理局。直屬正科級事業(yè)單位為蚌埠市交通基本建設(shè)工程質(zhì)量監(jiān)督管理局(含檢測中心)。